Өсімдіктер анатомиясы (грек. anatom – кесу, бөлу) — өсімдік органдары мен ұлпаларының ішкі құрылысы туралы ғылым; ботаника саласы. Өсімдіктер анатомиясының дамуы микроскоптың пайда болуымен тығыз байланысты. 17 ғасырда итальян биологы Марчелло Мальпиги (1628 – 1694) мен ағылшын ботанигі Неемия Грюдің (1641 – 1712) микроскоппен өсімдіктердің ішкі құрылымын зерттеуінің нәтижесінде өсімдіктер анатомиясының негізі қаланды. 19 ғасырда неміс биологы Теодор Шванн (1810 – 1882) микроскоп арқылы жануарлар мен өсімдіктер жасушасының құрылымын зерттеп, жасуша теориясын ашты. 20 ғ-дың басында өсімдік ұлпасы жасушалары мен органоидтарын зерттеу негізінде өсімдіктер анатомиясынан жасуша туралы ғылым – цитология бөлініп шықты. Өсімдіктер анатомиясын зерттеуде жаңа әдістер – электрондық микроскоп, сол сияқты гистохимиялық зерттеулер, т.б. қолданылады. Анатомиялық зерттеулер көмегімен өсімдіктердің тегі, егістік дақылдарының түрлі сорттары, өсімдіктің сыртқы орта әсеріне төзімділігі анықталады. Қазақстанда өсімдіктер анатомиясы жөніндегі зерттеулер 1930 – 1932 жылдары КСРО ға (Кеңестік Социалистік Республикалар Одағы) Қазақстандық базасының Ботаника секторында (қазіргі ҚР Білім және ғылым министірлігінің ботаника және фитоинтродукция институты) басталды. Зерттеу жұмыстары, сондай-ақ Бас ботаник. бақта, ҚазҰУ-де (Қазақ ҰлттықситетУниверситеті), ҚазҰАУ-дың (Қазақ Ұлттық Аграрлық Университеті) арнаулы кафедралары мен ауыл шаруашылығы министірінің қармағындағы бірқатар ғылыми-зерттеу институттарында жүргізіледі. Алынған ғылыми мәліметтер биологияда, агрономияда, дендрохронологияда, фармацевтикада, тамақ және ағаш өңдеу, т.б. ш-тарда пайдаланылады.