1954-1991 жылдар аралығанда КСРО чемпионатында өнер көрсетті, оның 24-нде жоғарғы дивизионда ойнады. Ең үлкен жетістігі 1986 жылы жетінші орынға ие болды.
2008 жылы спонсорлардың бірі қаржы жағынан келіспей қалып клубпен келісім шартты бұзған болатын. Премьер Лигада ойнауға қаржы таба алмаған клуб бірінші дивизионда ойнауға бел буды. 2009 жылы Бірінші Лигада жеңіске жетіп Премьер Лигаға қайта оралды.
Қазақстан чемпионатының құрылуынан кейін, клуб 17 сезонды жоғарғы дивизионда (1992 жылдан бастап 2001 жылға дейін «Жоғарғы лига» деп аталды, 2002 жылдан 2007 жылға дейін «Суперлига» деген атпен белгілі болды, 2008 жылдан бастап «Премьер-лига» деп аталады.) өткізді.
1998 жылғы футбол маусымына дайындық жүріп жатқан кезде ЦСКА басшылары «Қайраттың» бүкіл базасын, стадионын өздеріне қаратып алмақшы болды. Сол кезде «Қайратқа» қаржылық жағынан қолдау көрсетіп отырған Болат Әбілев бұған шыдай алмай, жарты команданы бөліп әкетті. Сол кезде «Қайраттың» вице-президенті Сейілдә Байшақов та Болат Әбілев жағына шықты. «Қайрат» екіге жарылғаннан кейін бір жартысы «Қайрат-ЦСКА» болды да, екінші жартысы халықтық «Қайрат» болды. Асқар Қожабергенов бастаған бір топ ойыншылар да халықтық «Қайрат» жағына шықты. Халықтық «Қайрат» деп отырғаным, сол кезде қырық жылға жуық тарихы бар кәдімгі «Қайрат» клубы. Өкінішке қарай, халықтық «Қайрат» сол жылы Қазақстан біріншілігінің жоғары тобында емес, бірінші лигада ойнады. 1998 жылдың қорытындысы бойынша, бірінші лигада жеңімпаз атанып, 1999 жылы жоғарғы топқа қайта оралды. Сол жылы халықтық «Қайрат» ұлттық біріншілікте үшінші орынға қол жеткізді. Ал «Қайрат-ЦСКА» халықтық «Қайраттан» әлдеқайда төмен қалды. Бірақ, 2000 жылы екі «Қайрат» қайтадан қосылды. Өйткені, ЦСКА басшыларының клубты ұстап тұруға мүмкіндіктері болмады.[1][2]
Қайрат футбол клубы
Карлос Алос Феррер
2012/2013
Патрик Ван Лиувен
